Το Σπαρτοχώρι βρίσκεται στην κορυφή ενός λόφου πάνω από το λιμάνι των Σπηλιών. Μικρά παραδοσιακά σοκάκια, καφετέριες και ταβέρνες προσκαλούν τους τουρίστες να εξερευνήσουν και να βιώσουν τη ζεστασιά της Μεγανησιώτικης φιλοξενίας. Το Στεφάνι, η κεντρική πλατεία του χωριού, προσφέρει εκπληκτική θέα στο Ιόνιο Πέλαγος, στα βουνά της Αιτωλοακαρνανίας και στο νησί του Σκορπιού.

Το Βαθύ είναι ένα υπέροχο παραθαλάσσιο χωριό, που είναι και το δεύτερο λιμάνι του νησιού. Οι τουρίστες μπορούν να περάσουν το χρόνο τους περπατώντας στην προκυμαία, δίπλα στα ψαρόβαρκα και τα πολλά σκάφη και ιστιοφόρα. Υπάρχουν πολλές ταβέρνες όπου μπορείτε να δοκιμάσετε ελληνική ή διεθνή κουζίνα, καθώς και καφετέριες και μπαρ.

Το Κατωμέρι, είναι η πρωτεύουσα του νησιού. Είναι μια αγροτική περιοχή, γεμάτη ελιές, μικρά σπίτια και παραδοσιακούς δρόμους γεμάτους λουλούδια.